先是国会解散后，广东督军陈炳焜，广西督军谭浩明，宣告“国会未复以前，军民政务，暂行自主；重大政务，迳行秉承元首，不受非法内阁干涉”。张勋败后，国会本可恢复；却又有人主张民国已经中断，可仿初建时的例，召集临时参议院。于是海军总司令程璧光，第一舰队司令林葆怿，于七月二十一日，宣言“拥护《约法》，恢复国会，惩办祸首”，于二十二日，率舰队开赴广东。云南督军唐继尧，于八月初一日通电，主张：
（一）总统应仍复职；否则应向国会辞职，照《大总统选举法》第九条第二项办理。
（二）应即召集国会。
（三）国务员非得国会同意，由总统任命，不能认为适法。
（四）称兵抗令之祸首，应照内乱罪，按律惩办。
并说“在宪法未成立以前，《约法》为民国之根本法。……愿悉索敝赋，……以拥护约法者，保持民国之初基于不坠”。
八月二十五日，国会议员，在广州开非常会议。三十日，议决《军政府组织大纲》，“设大元帅一人，元帅二人”，“临时约法之效力未完全恢复以前，……行政权由大元帅任之”，“……对外代表中华民国”。设立外交、内政、财政、陆军、海军、交通六部。各省督军，赞助军政府的，都任为都督。九月初二日，选举孙文为海陆军大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。
北方则冯代总统于九月二十九日下令，说：“……《国会组织法》，暨《两院议员选举法》，……现在亟应修改，着各行省蒙、藏、青海各长官，仍依法选派参议员，于一个月内，组织参议院；将所有应行修改之组织、选举各法，开会议决。此外职权，应俟正式国会成立后，按法执行。”其后参议院于十一月初十日开会。《修正国会组织法》、《两院选举法》，于一九一八年二月十七日公布。
这时候，两广、云贵，完全为护法省分。四川督军蔡锷，因病辞职后，由罗佩金代理。重庆则熊克武为镇守使，宗旨亦于南方为近。广东龙济光，是反对南方的。给滇军李根源打败，从广州湾入京。福建虽由北方所派的李厚基为督军，而民军几占全省之半。陕西亦有民军起事，——由于右任等率领襄阳的襄郧镇守使黎天才，荆州的湖北陆军第一师长石星川，亦都和南方表示同情。北政府以傅良佐为湖南督军。而零陵镇守使刘建藩，即在永州独立。衡山宝庆都响应。傅良佐以第八师师长王汝贤为总司令，第二十师师长范国璋为副司令，攻入衡山。又派十七师三十四旅旅长朱泽黄，攻入宝庆。旋粤桂联军援湘——谭浩明程潜为司令。——恢复衡山宝庆，并进取衡阳湘潭。傅良佐退守岳州。北政府将傅免职，以王汝贤代理。旋湘粤桂联军入长沙，王汝贤亦走岳州。十一月十八日，直督曹锟，鄂督王占元，苏督李纯，赣督陈光远，联电愿任“鲁仲连之职”。请“即日先行停战，……俾得熟商方计”。于是段祺瑞辞总理和陆军总长，王士珍代理总理。旋倪嗣冲、张怀芝和山、陕、豫、闽、浙、奉、黑诸省，热、察、绥三区，和上海护军使（卢永祥）三省剿匪督办（张敬尧）各代表，于十二月初三日，在天津开会。对西南一致主战，反对调停。由各代表认定出师数目，要求中央下令讨伐。一九一八年，正月二十七日，湘粤桂联军复岳州。北政府以曹锟为两湖宣抚使，第一路总司令，张怀芝为湘赣检阅使，第二路总司令，张敬尧为攻岳总司令。三月初一日，段祺瑞再任国务总理。十八日，北军入岳州。二十六日，入长沙。
这一年五月十日，两院联合会修正《军政府组织大纲》。以两院联合会选出的政务总裁，组织总裁会议。各部总长，都称为政务员；以政务员组织政务院。以政务院赞襄总裁会议，行使中华民国军政府的行政权。——若执行《约法》上大总统的职权，则以“代理国务院摄行大总统职务”的资格行之。旋选出孙文、唐绍仪、唐继尧、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷、岑春煊七人为总裁。于六月五日，宣告成立（孙文、唐绍仪未就职）。十九日，推定岑春煊为主席总裁。
六月十二日，国会议员宣告在广州继续开正式国会。旋因到会议员不足法定人数，于七月十二日，援《议院法》第七条，开会后满一个月尚未到院者，应解其职的规定，解参议员五十一人，众议院一四七人的职。又于八月十二日，依同条但有不得已故障，报告到院时，得以院议延期至两个月为限的规定，解参议员五十八人，众议员六十九人的职（以后陆续解职的还不少）。都将候补议员递补，凑足法定人数开议。并续开宪法会议。
七月十二日，冯国璋下令召集新国会。八月十二日，临时参议院闭会，新国会开会。初四日，选举大总统。徐世昌以四三六票中的四二五票当选。——次日，选举副总统，以不足法定人数延期，遂始终未能选出。
十月初十日，徐世昌就职。