《山海经》的篇章结构与众不同。除《大荒经》以下五篇外，其方位展开顺序不是习以为常的东、南、西、北，而是有悖常法的南、西、北、东。蒙文通曾经据此为论据之一指出，《山海经》是古代南方（即古巴蜀和楚）人的作品，故在篇章安排上以南方为首，后人也多袭其说。但是，先秦典籍甚多，经现代学者梳理后，并未见到有与此类似的事例，因此，倘若单凭此点，今人少有采信。[3][5][8]
《山海经》内容编目
山经
01南山经
02西山经
03北山经
04东山经
05中山经
山海经》是一部充满着神奇色彩的著作，内容无奇不有，无所不包，蕴藏着丰富的地理学、神话学、民俗学、科学史、宗教学、民族学、医学等学科的宝贵资料，它的学术价值涉及多个学科领域，它大量地、有条序地记载了当时中国的自然地理要素及人文地理的内容，如山系、水文、动物、植物、矿藏、国家地理、经济、社会文化风俗等，细心钻研，深入探讨，就不愁没有新发现。
《山海经》虽然不是纯粹的地理书，但其地理学内涵是第一位的，它从各个方向有秩序、有条理地记叙各地的地理特征，包括自然地理特征和人文地理特征。
首先，《山海经》有自然地理记述。这包括记载了许许多多的山，如“堂庭之山”、“杻阳之山”、“青丘之山”、“箕尾之山”等，而每座山的命名是根据山的地貌而定的，这些山也体现了山系的走势；以及极其丰富的水文记载，河流大都记明了源头和注入之处，河流的发源地可以在某一山麓，而它的注入处却远离此山，记述者对于水文记载时也注意到河流干流的全貌，河流的经由虽不见记载，但是若干干流如黄河、渭水可以及许多支流流入其干道的情况了解到它们的大致流经区域。《山海经》记载了伏流河和季节河。“潜行于下”的河即伏流河。